Заповедник расположен в Самарской Луке — на полуострове, образованном
глубоким изгибом Волги в ее среднем течении, на территории
Ставропольского р-на Самарской обл. Состоит из двух участков: основного
(на материке) и островов Середыш и Шалыга. На юге граничит с
национальным парком «Самарская Лука».
Своим названием заповедник обязан Жигулевским «горам» - своеобразной
возвышенности тектонического происхождения. Со стороны Волги Жигули
очень величественные и представляются настоящей горной страной, высота
их достигает 375 м над уровнем моря.
Благодаря своему географическому
положению, разнообразию микроклиматических условий, обусловленному резко пересеченным «горным» рельефом, и особенностям геологического
прошлого в Жигулях сохраняются возможности существования растений и
растительных сообществ, свойственных различным географическим зонам.